Auf der Burg sind vier verschiedene Fledermausarten zu finden: die Bulldoggfledermaus, eine der größten Arten Europas und die Zwergfledermaus, eine der Kleinsten. Außerdem beheimatet sind hier die Breitflügelfledermaus sowie die Wasserfledermaus. Die Tiere spielen eine wichtige Rolle bei der Bekämpfung von Insekten. Die Führung bietet ebenso eine perfekte Gelegenheit für Natur- und Tierliebhaber, mehr über den Artenschutz und die Bedeutung der Fledermäuse für das lokale Ökosystem zu erfahren.
Die Fledermaus-Besichtigung im Castelo de São Jorge findet jährlich von Juni bis September für gewöhnlich jeden Samstag um 20.30 Uhr statt. Jedoch können die Termine abweichen. Für Erwachsene kostet die zweistündige Führung zehn Euro, für Kinder fünf Euro. Die Führungen werden auf Englisch und Portugiesisch angeboten. Da die Teilnehmerzahl begrenzt ist, wird eine Voranmeldung an der Burgkasse oder per E-Mail an info@castelodesaojorge.pt empfohlen.